Wojny, których widownią była Warmia od XV aż po XX wiek, oraz klęski żywiołowe hamowały rozwój miasta. Nigdy jednak Orneta nie została doszczętnie zrujnowana tak jak Pieniężno czy inne miasta Warmii. Z najazdu Litwinów w 1311 roku wyszła obronną ręką dzięki swoim obwarowaniom. Ucierpiały wówczas okolice miasta. Również wojna głodowa oszczędziła Ornetę. Znacznie bardziej zaangażowało się miasto w wojnę trzynastoletnią. Właśnie w Ornecie odbył się 21 stycznia 1454 roku zjazd, na którym miasta warmińskie opowiedziały się po stronie Związku Pruskiego. Gniew mieszczan orneckich obrócił się przede wszystkim przeciwko biskupowi; dokładnie splądrowali zamek i młyn biskupi. W kwietniu 1455 roku miasto objęli zaciężni związkowców pod dowództwem Jana Koldy, w lipcu 1459 roku przez trzy dni oblegał je bezskutecznie dowódca krzyżacki Henryk Plauen. Miasta nie zdobył, ale spustoszył okolicę. Natomiast w nocy z 19 na 20 września 1460 roku Orneta, której mieszkańcy uwierzyli w ogłoszoną przez biskupa Legendorfa neutralność Warmii, została napadnięta i splądrowana przez jakiś oddział czeskich zaciężnych.

Piękną kartę zapisali mieszkańcy Ornety w czasie wojny z Albrechtem Hohenzollernem. W jego planach opanowania całej Warmii Orneta stanowiła ważną pozycję. Po zdobyciu Dobrego Miasta i nie udanym oblężeniu Lidzbarka Warmińskiego uderzył Albrecht 16 listopada 1520 roku na Ornetę obsadzoną przez wojska polskie pod dowództwem Stanisława Radwankowskiego i ówczesnego burgrabiego Mikołaja Schoenecka. Miasto było dobrze przygotowane do obrony, dlatego też Albrecht przed przystąpieniem do szturmu zwrócił się do mieszczan orneckich z żądaniem, by poddali się dobrowolnie. Odpowiedzieli mu, że chcą pozostać wierni królowi polskiemu i będą walczyć do ostatka. Mimo iż pierwszy szturm wojsk krzyżackich załamał się, Albrecht przygotowywał i przeprowadzał następne. I wówczas dowódca obrony, Stanisław Radwankowski, nie stanął na wysokości zadania. Wraz z burmistrzem Janem Garsawem weszli w porozumienie z Albrechtem i 24 listopada, po blisko ośmiodniowym oblężeniu wydali Ornetę w ręce Krzyżaków. Sześćdziesięcioosobowy oddział polski, który podążał miastu z odsieczą, dostał się do niewoli. Ratusz Miejski Ta nieuzasadniona kapitulacja wywołała powszechne oburzenie. Na sejmie w Piotrkowie (październik – listopad 1522) Stanisław Radwankowski stanął pod zarzutem, że „miasto i zamek Orneta bez przyczyny poddał wielkiemu mistrzowi, chociaż ani brak żywności, ani przemoc nie zmuszały go do tego, przeciwnie – miasto było dobrze zaopatrzone, posiadało odpowiednią ilość ludzi, kawalerii, piechoty i artylerii”. Na skutek tego oskarżenia Radwankowski został skazany na infamię.

17 lipca 1626 roku Ornetę zajęły wojska szwedzkie. Na miasto nałożono olbrzymią kontrybucję – 800 florenów. Cztery miesiące później, 17 listopada tegoż roku, wojska polskie pod dowództwem Marcina Kaszanowskiego wyparły Szwedów i zajęły miasto. Ponad rok było ono obsadzone przez oddział polskich żołnierzy, którym dowodził pułkownik Siadkowski. Dopiero po blisko trzymiesięcznych walkach, 19 października 1627 roku, Orneta dostała się znów w ręce Szwedów, została splądrowana i zmuszona do zapłacenia kontrybucji w wysokości 3000 florenów.

Zaledwie miasto podniosło się z ruiny gospodarczej, wybuchła druga wojna szwedzka. W lutym 1656 roku Ornetę obsadziły wojska brandenburskie. Znów trzeba było zaopatrywać garnizon i spłacać kontrybucję w wysokości 1700 talarów miesięcznie. Później Orneta przechodziła z rąk do rąk; Brandenburczyków wyparli Szwedzi, a tych znów Polacy. Wojna ta, jak i poprzednie, doprowadziła Ornetę do ruiny gospodarczej.

W lipcu 1676 roku miasto zniszczył pożar. Pastwą ognia padły 34 zabudowania.

Wojna północna przyniosła nowe klęski. Przez blisko sześć lat Orneta była okupowana przez wojska szwedzkie, które ciągłymi kontrybucjami i rekwizycjami doprowadziły mieszkańców do kompletnej nędzy.

Po pokoju toruńskim i włączeniu Warmii do państwa polskiego napłynęła tu ludność polska. Musiało jej być sporo, ponieważ biskupi warmińscy, szczególnie zaś Stanisław Hozjusz i Marcin Kromer, uważali za konieczne zapewnienie praktyk religijnych w języku polskim. Marcin Kromer budował liczne kaplice polskie. Jemu też zawdzięcza powstanie kaplica polska w Ornecie. Na ten cel przeznaczył biskup kaplicę Św. Ducha, położoną za murami miejskimi, postanowił, by „z biegiem czasu na starych fundamentach wystawiona była nowa kaplica i aby niekiedy było w niej kazanie polskie” oraz by proboszcz „miał jednego z dwóch wikariuszy tak władającego językiem polskim, by mógł po polsku głosić kazania”.
W swoim testamencie Kromer ufundował legat w wysokości 87 grzywien i 10 groszy jako honorarium dla polskiego kaznodziei, który za każde kazanie polskie miał pobierać trzy grosze.

Od połowy XVII wieku coraz częściej pojawiają się w zapiskach nazwiska księży Polaków. I tak w latach 1651-1676 proboszczem był Michał Aksamitowski, w 1676-1679 Krzysztof Zaremba, Jan Woźniakowski w 1764-1778, Teodor Lutomski w 1778-1784, Tomasz Orlikowski w 1785-1814, Franciszek Zygmundski w latach 1814-1842.

Szpitale w średniowieczu były zazwyczaj fundacjami osób duchownych. W Ornecie szpital Św. Ducha ufundował biskup Herman z Pragi, biskup Jan Stryprock uposażył go sześcioma włókami ziemi, a burgrabia ornecki, Henryk Molknecht ofiarował w 1384 roku na jego rzecz trzy włóki lasu. W czasie wojny trzynastoletniej szpital i przyszpitalna kaplica zostały zniszczone, a odbudowane w 1494 roku. Po ponownym zniszczeniu w czasie wojny lat 1519-1521 postanowiono przenieść budowlę na granicę murów miejskich.

Około 1340 roku powstał na przedmieściu przy Wysokiej Bramie szpital pod wezwaniem św. Jerzego. W pierwszym okresie pełnił on rolę przytułku dla trędowatych, później zaś szpitala dla ubogich. I ten szpital otrzymał, od wspomnianego już burgrabiego orneckiego, trzy włóki lasu.

Pierwsza wiadomość o szkole w Ornecie pochodzi z dokumentu z 1343 roku. Mówi on, że do biskupiej szkoły zamkowej przyjęto Piotra, syna ówczesnego sołtysa. Szkołę zamkową przeniesiono potem wraz z innymi instytucjami biskupimi do Lidzbarka. Musiała być w Ornecie, podobnie jak i w innych miastach biskupstwa, szkoła parafialna, potwierdza to jednak dopiero dokument z 1565 roku. Uczyło się w niej wówczas 82 chłopców podzielonych na trzy klasy. Budynek szkolny wystawili i utrzymywali proboszcz i wikary parafii orneckiej. W 1581 roku budynek wymagał kapitalnego remontu. Nauczycielem był w tym okresie Michał Wegner, wykształcony w kolegiach jezuickich Braniewa i Wilna. Pomagał mu kantor Szymon Yonberg. Szkoła liczyła wtedy 76 chłopców, w tym 23 w klasie wyższej. Z późniejszych lat znani są nauczyciele orneckiej szkoły parafialnej: Jakub Liliental zmarły w 1721 roku, Andrzej Bem zmarły w 1745 roku, Andrzej Zander zanotowany w 1795 roku i Franciszek Eckert w 1799 roku.

Od połowy XVI wieku była też w Ornecie szkoła dla dziewcząt, związana ściśle z klasztorem sióstr katarzynek.

Historia miasta spisana na podstawie książki „BRANIEWO – Z dziejów miasta i powiatu”, Wyd. „Pojezierze”, Olsztyn 1973 r.